El grup terrorista Haqqani Network va començar a aparèixer als informes d'agències d'intel·ligència que operaven a l'Afganistan i el Pakistan des del 2004-2005. El nom de la xarxa s’associa amb el nom del comandant de camp Jalaluddin Haqqani, que va lluitar contra les tropes soviètiques.
Durant l'estada de les tropes soviètiques a l'Afganistan, Jalaluddin Haqqani va ser un famós comandant de camp, va ser recolzat per l'Agència Central d'Intel·ligència dels Estats Units, proporcionant ajuda financera.
Després de la retirada de les tropes soviètiques, la guerra civil a l'Afganistan va continuar. Haqqani ha participat en diverses operacions importants, la seva autoritat ha crescut significativament. El 1992, va participar en negociacions de pau entre les parts en guerra, després es va convertir en ministre de justícia de l'Afganistan i va ocupar aquest càrrec durant quatre anys.
Després de la presa de Kabul pels talibans el 1996, Haqqani va abandonar el seu bàndol i va ser nomenat ministre d'Afers Fronterers. A la pràctica, això va provocar que controlés completament la província de Paktia, que acollia els camps d'entrenament d'Al-Qaeda que més tard van ser destruïts pels nord-americans. Després de l'inici de l'operació nord-americana contra els talibans, Haqqani va començar a comandar les seves forces armades, però no va poder resistir els invasors. Els talibans van ser derrotats, Haqqani va començar a fer una guerra de guerrilles i aviat va ser nomenat pels nord-americans com un dels sis terroristes més buscats dels talibans.
Les accions de Haqqani contra les forces governamentals i l'exèrcit nord-americà van tenir molt d'èxit, des de mitjans de la dècada de 2000, els informes de l'Afganistan van començar a esmentar la "Xarxa Haqqani", que indicava la major influència d'aquest senyor de la guerra. Des del 2006, juntament amb Haqqani, el seu fill Sirajuddin (Siraj) és el responsable de la xarxa. Des del 2007, va ser Siraj qui va governar el grup en relació amb el deteriorament de la salut del seu pare. Estretament afiliat als talibans, el grup terrorista Haqqani va actuar independentment i mai es va sotmetre a ningú.
Aviat, el lideratge de la "Xarxa Haqqani" ja incloïa diversos membres de la família del seu fundador i diversos comandants de camp; el grup controlava diverses províncies de l'Afganistan. Des del 2008, el grup va començar a utilitzar suïcides per dur a terme atacs terroristes; les autoritats nord-americanes van començar a considerar que representava la major amenaça per a les tropes americanes a l'Afganistan. Segons els serveis d'intel·ligència, el nombre de membres de la xarxa el 2010 oscil·lava entre 4 i 15 mil persones. Era difícil estimar amb més precisió el nombre de militants a causa del caràcter tancat del grup.
Des del 2008, el fill del fundador del grup, Siraj Haqqani, ha estat inclòs pels Estats Units a la llista de terroristes; des del 2009 s’ha anunciat una recompensa de 5 milions de dòlars per obtenir informació sobre ell. Els anys següents, Nasiruddin Haqqani, Khalil al-Rahman Haqqani i Badruddin Haqqani es van afegir a la llista de terroristes.
Durant molt de temps, les autoritats nord-americanes no es van atrevir a incloure oficialment la "Xarxa Haqqani" en el nombre de grups terroristes, ja que encara esperaven arribar a un acord amb els líders d'un moviment tan influent. Els serveis d'intel·ligència del país fins i tot van mantenir reunions amb representants de la xarxa, però no van arribar a cap acord.
La situació es va aclarir finalment el setembre del 2011, quan terroristes de la xarxa Haqqani van atacar la seu de les forces de l'OTAN i l'ambaixada dels Estats Units a Kabul. 16 persones van ser víctimes de l'atac. Va quedar clar que no seria possible arribar a un acord amb els terroristes i el setembre del 2012 es va anunciar que els Estats Units havien afegit la Xarxa Haqqani a la llista de grups terroristes.